Calvin se doktrinarno slagao s Lutherom glede opravdanja
vjerom (spašava se jedino po milosti, 'sola gratia', jer je ljudska
narav nakon pada potpuno iskvarena, izgubila se sličnost s Bogom, volja
je zarobljena, u nemogućnosti da izabere dobro, zanijekana je bilo
kakva ljudska suradnja s milošću, opravdanje po vjeri u potpunosti je
Božje djelo) i autoriteta Svetoga Pisma ('sola scriptura') kao jedinog
izvora i norme vjerovanja. (Tridentski sabor /1545.-1565./, kao odgovor
na izazov luteranske reformacije, inzistirao je na tome da samo
povjerenje u Božje milosrđe nije dovoljno, već je za spasenje nužna i
'suradnja' s milošću u ljubavi, tj. Božja milost, koju nam Bog daje
besplatno, mora nas zaista promijeniti iznutra /= ne samo milost nego
milost i narav; ne samom vjerom nego vjerom i djelima/ te nitko nije od
Boga 'predodređen' za odbijanje milosti, jer ljudska sloboda uvijek je
prisutna, a osoba mora surađivati s Božjom milošću. Glede autoriteta
Svetoga pisma, Sabor naučava da istine i prakse Crkve imaju izvor i u
Svetome Pismu i u nepisanoj apostolskoj tradiciji (ne 'ili/ili' nego
'i/i'), tj. ne samo Sveto Pismo nego Pismo i tradicija /iskustvo vjere
Crkve u vjerovanjima, sakramentima i liturgiji Crkve kao i u nauku
učiteljstva/). Glede Euharistije, Calvin je zauzeo stav negdje između
Luthera i Zwinglija: postoji stvarno zajedništvo s uskrslim Gospodinom
po Njegovoj univerzalnoj 'duhovnoj' (simboličkoj) nazočnosti, iako nema
tjelesne prisutnosti Krista u sakramentima. (Sabor naučava da je u Misi
istinski prisutna jedna Kristova žrtva, koja se ne ponavlja te
potvrđuje doktrinu transupstancijacije u Euharistiji). U liturgiji,
iako poput Zwinglija odbacuje materijalna pomagala u bogoslužju, sve
ceremonije i rituale, ipak je u bogoslužju, kao sastanku na uspomenu
Posljednje večere, dopustio pjevanje psalama (važan dio reformiranog
bogoslužja) i korištenje križa, ali ne i raspela ili drugih slika. Od
sakramenata, Calvin priznaje samo dva: krštenje i Gospodnju večeru kao
'simbolički' prikaz Božje nazočnosti. (Tridentski sabor naučava sedam
Sakramenata).